Le séquençage ADN à bas coût, une révolution fabuleuse... et dangereuse Géants mondiaux et start-up à la lutte pour un gigantesque marché

Séquencer trois millions de génomes, c'est désormais l'objectif du BGI chinois, le leader mondial du séquençage en termes de capacité de traitement. Cet organisme de recherche, qui comprend aussi une activité commerciale, a lancé en 2011 le projet "3 M", pour trois fois un million de génomes : êtres humains, plantes et microorganismes.

un employé de la start-up américaine 23andme prépare les 'puces à adn', en vue
Un employé de la start-up américaine 23andMe prépare les "puces à ADN", en vue du séquençage. © 23andMe

Deuxième plus gros centre de recherche de génomique mondial, le Broad Institute d'Harvard, qui dépend du MIT, dispose d'un budget de 283,8 millions de dollars par an. Sa plateforme de génomique dispose de plus de 100 machines de séquençage ADN. La France n'est pas en reste avec l'Institut de génomique du CEA, qui dispose des deuxièmes capacités européennes avec 20 machines.

L'entreprise Illumina estime que le marché du séquençage ADN, d'environ 20 milliards de dollars cette année, pourrait doubler voire tripler dans le futur. Preuve des perspectives prometteuses, le secteur a connu une vague de consolidations ces dernières années. BGI a fait l'acquisition en 2013 de la compagnie américaine Complete Genomics, une pépite convoitée par Illumina, pour 118 millions de dollars. Une acquisition qui doit justement permettre à BGI de s'affranchir d'Illumina, qui lui fournit pour l'instant la quasi-totalité de ses machines de séquençage. En 2010, Life Technologies avait mis la main sur Ion Torrent, et un peu plus tôt dans l'année, Illumina elle-même avait résisté à une OPA hostile de 6,2 milliards de dollars du géant pharmaceutique suisse Roche.

Selon Illumina, le marché du séquençage ADN, d'environ 20 milliards de dollars cette année, pourrait doubler voire tripler dans le futur

Mais il ne suffit pas d'extraire le code génétique d'un organisme, encore faut-il pouvoir traiter l'énorme masse de données. Et ce n'est pas une mince affaire. Il faut bien se rendre compte que le séquençage d'une seule cellule humaine, qui comprend 3,2 milliards de paires de bases (les "lettres" qui codent l'ADN), représente 250 Go de données brutes environ (chaque séquence devant être lue plusieurs dizaines de fois pour "recoller" les morceaux). "Aujourd'hui, la moindre analyse que l'on nous confie contient plusieurs téraoctets de données", assure Marc Rajaud, de GenoSplice. "Les progrès du séquençage sont intrinsèquement liés à ceux de l'informatique et du big data", confirme Arnaud Lemainque. C'est pourquoi les géants de l'informatique se sont engouffrés dans le secteur : Amazon, Google, IBM ou Sony proposent d'ores et déjà des services spécialisés dans l'analyse de données du séquençage.

Big Data / CEA