Les avantages fiscaux que procurent à l'entreprise la qualification de JEI ne doivent pas dépasser la limite de 100.000 euros prévue par la Commission européenne, relative aux aides d'importance mineure dite "de minimis".

L'ensemble des aides placées sous ce plafond comprend :

- les exonérations d'impôt sur les sociétés, de taxe professionnelle et de taxe foncière,
- mais aussi les aides publiques - Etat, Régions, locales (certaines aides des Chambres de Commerce notamment) - perçues par la JEI, dès lors que ces aides n'ont pas été notifiées à la Commission Européenne ou ne sont pas couvertes par une exemption spécifique.

Il est à noter que l'exonération de charges sociales des équipes de recherche, le crédit impôt recherche et les subventions Anvar ne sont pas à intégrer dans ces aides, ce qui est un élément important.

Pour savoir parmi les aides publiques reçues par la JEI, celles qui entrent dans le calcul du plafond, il est conseillé de contacter chaque organisme émetteur de la subvention, généralement capable de répondre à cette question.

Le plafonnement des avantages à 100.000 s'apprécie par période glissante de 3 ans. "Glissante" signifie que l'on compare sur les 3 derniers exercices, le montant théorique cumulé d'impôt sur les sociétés, de taxe professionnelle et de taxe foncière que la société aurait dû payer sans l'exonération JEI avec le montant des aides et exonérations fiscales acquises : le montant d'impôt exonéré est au maximum de 100.000 euros sur ces 3 derniers exercices.

Une société ne peut plus prétendre à la qualification JEI dès l'année de son huitième anniversaire d'existence. Ainsi, pour une société créée en 1999, l'année de son huitième anniversaire étant en 2007, la dernière année d'application de la qualification JEI est fixée en 2006. Il convient donc aux entreprises JEI de bien s'assurer que ce point est respecté pour l'exercice 2006.

"Attention au passage de seuil !"

D'autres conditions ont été posées pour bénéficier du régime JEI :

- Les dépenses de recherche doivent chaque année être supérieures à 15 % des charges totales de cette même année.

- Le chiffre d'affaires doit être inférieur à 40 millions d'euros ou le total du bilan doit être inférieur à 27 millions d'euros, tandis que les effectifs ne doivent pas dépasser 250 salariés (ces critères de taille assez élevés sont rarement dépassés par les "jeunes" entreprises innovantes)

- Au moins 50 % du capital des JEI doit être détenu par des personnes physiques ou par des sociétés satisfaisant aux critères de chiffre d'affaires, de total bilan et d'effectif indiqué ci-dessus et dont le capital est détenu pour 50 % au moins par des personnes physiques. Ces critères sont généralement connus et bien suivis en interne par la JEI. Ils ne posent normalement pas de problème particulier. Il convient cependant de faire attention aux restructurations intervenues en cours d'années : acquisition, fusion, … qui peuvent venir remettre en cause le régime JEI.

Lorsqu'à la clôture d'un exercice, les conditions précédentes ne sont plus remplies, la société perd définitivement dès cet exercice le bénéfice des exonérations JEI, entraînant rapidement des conséquences en matière de trésorerie.

Pour une société clôturant ses comptes fin 2006, l'arrêt des exonérations de charges sociales des équipes de recherche est effectif dès janvier 2007 et la société doit également rembourser les cotisations sociales indûment exonérées en 2006 (sauf avis favorable sur son statut JEI reçu de la Direction des Impôts pour l'année en question).

L'impôt sur les sociétés 2006 ne pourra par ailleurs bénéficier que d'un abattement de 50 % au titre de la sortie du système et la société devra verser des acomptes d'impôt sur les sociétés sur la base du dernier bénéfice fiscal 2006 en 2007.

En conclusion, l'exercice comptable encore en cours est le bon moment pour s'interroger sur le respect des critères d'assujettissement au régime JEI développés plus haut. Dans le contexte actuel de croissance du secteur de l'innovation, une attention particulière doit être portée sur les projections de bénéfices pour l'exercice et le niveau d'impôt sur les sociétés théorique associé. Ceux-ci doivent être comparés aux possibilités d'exonération restantes et tout dépassement des plafonds anticipé.