Infrastructure/Chantiers
Après le logiciel libre, à quand le génome ouvert ?
Quand la génétique suit le chemin de l'informatique en matière d'ouverture, l'informatique libre, en retour, s'inspire des méthodes scientifiques. (Lundi 29 juillet 2002)
     
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Etude: Le logiciel libre dans les entreprises françaises
La conférence O'Reilly sur le logiciel libre, qui a eu lieu jeudi à San Diego aux Etats-Unis, a vu naître une idée étonnante. Deux scientifiques, Ewan Birney et Jim Kent, sont intervenus pour proposer l'extension des principes du logiciel libre: le séquençage du génome humain, selon eux, devrait tout autant que la conception informatique, être traité librement.

Quand la science s'inspire de l'informatique...
Les développeurs se sont donnés rendez-vous à San Diego pour discuter de l'intérêt et de l'objectif du logiciel libre. Le principe d'ouverture du code permet la modification en vue de l'amélioration de ce code. Plus il y a de monde qui cherche, plus on a de chances de trouver. C'est ce que pensent Ewan Birney, chef d'équipe dans l'annotation génomique à l'Institut Européen de Bioinformatique, et Jim Kent, chercheur à l'Université de Californie. Pour eux, la science n'est pas concevable sans ouverture. Ils disposent de 3 Gigaoctets d'information concernant le génome humain, ce qui représente 99% du génome humain complet. Selon Ewan Birney, cités sur Infoworld, "tout ce que nous savons sur l'homme est forcément encodé dans ces 3 GB".

Dans le cadre de la recherche scientifique, la source (apparentée ici au code logiciel) ne peut être cachée. Jim Kent ajoute que "les scientifiques travaillent dans un système où la relecture d'une découverte par un pair est indispensable si l'on cherche à l'authentifier". Comment faire autrement que dévoiler la source, dans de telles circonstances ?

...L'informatique s'inspire de la science
Les deux scientifiques ont reçu des soutiens de la part de nombreux développeurs. Et à l'inverse, ces derniers pensent que l'informatique doit pouvoir s'inspirer de certaines méthodes scientifiques. Les standards utilisés pour tester les expériences scientifiques devraient être appliqués aux tests logiciels. Avoir accès au code d'un logiciel doit permettre sa dissection, et donc l'éviction des bogues. Selon eux, toujours, les éditeurs contrôlant la propriété intellectuelle de leur code logiciel multiplient les risques de mettre sur le marché des logiciels bogués.

Un bémol s'est cependant fait entendre. Il existe une différence fondamentale entre le génome humain et un logiciel, selon Alex Lewin, développeur logiciel libre : "le génome préexiste, alors que le logiciel est une invention humaine".

Alex Lewin a néanmoins convenu que le TCP/IP et le génome avaient un point commun : Ils sont essentiels, l'un pour la communication sur Internet, l'autre pour la vie. "Les deux doivent être ouverts", a-t-il ajouté.

[Serge Descombes, JDNet]
 
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