Comment nous préparer à la prochaine pandémie ?

En 2019, le monde était confronté aux incertitudes d'une nouvelle maladie virale, la Covid-19. La complexité et l'étendue du SARS CoV-2 allait conduire les équipes travaillant dans l'industrie du diagnostic à relever des défis scientifiques et opérationnels dans des délais jusqu'alors impensables.

Des niveaux de collaboration sans précédent entre les prestataires de santé, les laboratoires, les gouvernements et les organismes officiels allaient s’établir, et produire des tests diagnostiques sur le SARS-CoV-2 en l’espace de 30 à 90 jours, alors que le temps de développement habituel dépasse douze mois.

Un peu plus d’un an après, le temps est venu de réfléchir à ce que nous a appris de cette pandémie, et en quoi ces leçons peuvent aider les responsables de la santé publique, les services gouvernementaux et le secteur du diagnostic à se préparer aux futures menaces virales, dans des proportions similaires à celle de cette pandémie.

L’importance d’une décision rapide

Confrontés à un virus inconnu, les premières décisions prises sont critiques. A titre d’exemple, nous avons dû choisir très tôt la région du génome du SARS CoV-2 sur laquelle nous allions devoir nous concentrer plus particulièrement. Nous avons choisi la région du gène ORF-1ab plutôt que la protéine de spicule, car nous savions qu’elle était moins soumise à une pression évolutive et moins susceptible de muter. Nous avons également ciblé des régions duales du virus, ce qui signifie que le test intégrait de fait une forme de redondance et serait ainsi en mesure de répondre plus facilement à de futures mutations.

Nous disposions ainsi de deux manières de détecter la présence du virus, et si des mutations venaient à affecter l’une des régions, l’autre continuerait de permettre l’identification du virus, offrant ainsi plus de fiabilité et de spécificité.

Pour répondre à une crise, il est vital de prendre rapidement des décisions fortes et de faciliter les discussions entre les différentes équipes au sein de l’organisation, afin de recueillir les informations et l’expertise dont on a besoin.

Gestion de crise

Les données jouent un rôle clé dans la compréhension d’un nouveau virus et pour se préparer à affronter de nouvelles menaces. La pandémie de Covid-19 a précipité un partage d’informations sans précédent et donné accès à un plus grand nombre de données sur le séquençage du génome. Cet apport d’informations nous a aidé à suivre en temps quasi-réel l’effet des mutations sur les performances de nos tests, et a permis de confirmer qu’elles ne s'en trouvaient nullement affectés.

Notre équipe de bioinformatique a développé de nouveaux outils de calcul pour surveiller les données publiques et a rédigé des programmes permettant d’analyser un volume considérable de données. Nous avons repoussé les limites du temps – l’analyse d’un jeu de 200 000 séquences prenait auparavant une semaine entière. Le nouveau processus nous a permis d’y parvenir en un jour ou deux.

Peu de temps après la publication de notre test de dépistage du SARS CoV-2, nous avons travaillé en étroite collaboration avec les clients qui l’utilisaient et généraient des milliers de résultats, afin d’analyser les données et de nous assurer que notre solution fournissait le plus haut niveau de qualité possible.

L’un des enseignements clés de cette pandémie est qu’il ne faut en aucun cas ignorer les signaux d’alerte laissant entrevoir l’émergence de menaces virales. Il faut également surveiller régulièrement et partager les données. Cette surveillance continue devrait permettre à toutes les parties concernées de répondre rapidement et d’anticiper tout menace nouvelle dans le futur. Nous avons également constaté que la programmation permettant d’accélérer l’analyse du Big Data joue un rôle clé dans ce contexte.

Montée en puissance des capacités

Avec la transmission rapide du SARS CoV-2, ce sont des millions de personnes qui ont dû être testées, et la montée en puissance rapide des capacités pour répondre à cette demande s’est avérée essentielle. Nous avons mis en place une équipe pluridisciplinaire afin de gérer les problèmes de logistique à un niveau sans précédent et d’être en mesure de fournir les millions de tests nécessaires dans le monde. En l’espace de quelque mois, nous avons multiplié par trois la production de certains composants de nos tests diagnostiques.

La pandémie nous a également appris que le développement d’un test de dépistage de très haute qualité ne constitue que la moitié du combat. Le défi le plus important consiste à disposer d’un nombre de tests suffisants et des instruments adaptés, mis à la disposition de personnes qualifiées, pour qu’elles soient en mesure de prendre les bonnes décisions en termes de santé. Il faut ensuite soutenir l’effort déployé et relever le défi de l’approvisionnement. Pour se préparer au futur, certaines firmes se dotent de capacités de production supplémentaires, pas nécessairement pour les utiliser immédiatement, mais pour les tenir à disposition dès qu’il sera nécessaire de passer rapidement à la vitesse supérieure.

L’industrie du diagnostic et la communauté des vaccinologues doivent continuer à monter en puissance de même que les instances gouvernementales l’ensemble des industriels doivent se préparer à pallier d’éventuelles pénuries. L’ensemble du secteur a été confronté à des manques inattendus de composants clés permettant de réaliser les tests Covid, comme des flacons de verre ou de plastique, alors que la demande explosait littéralement. Nous avons heureusement pu constater une très grande ingéniosité pendant la pandémie. : par exemple, nous avons confirmé à nos clients qu’ils pouvaient utiliser différents tubes et workflows sur nos systèmes diagnostiques afin de les aider à pallier les pénuries de collecteurs en leur proposant un plus grand nombre d’options.

Et si prévoir des stocks de tubes et de flacons en plastique pourrait être une solution il ne faut pas oublier que ceux-ci comportent une date de péremption. C’est dire que la préparation à de nouvelles menaces sanitaires s’accompagne nécessairement d’un coût. Enfin, notre flexibilité et notre aptitude à nous adapter à la situation seront également des critères clés. Nous avons besoin d’une solide planification des scénarios, mobilisant des équipes pluridisciplinaires, afin d’anticiper et de modéliser les défis liés à la survenue de futures pandémies. La première étape consiste à imaginer quelles pourraient être les difficultés majeures et la manière dont nous pourrions les résoudre raisonnablement.

La montée en puissance des tests et des traitements sont certes des points importants, de même qu’une protection adéquate des équipes. Disposer de suffisamment d’équipements de protection individuels pour que les premiers intervenants et les personnels hospitaliers puissent faire leur travail en toute sécurité demeure un point essentiel.

Anticiper les besoins futurs

Intégrer de la résilience dans le système doit être un élément fondamental de notre capacité d’anticipation et des choix que nous ferons aujourd’hui ensemble - gouvernements, industriels, professionnels de santé, citoyens dépendra notre capacité à affronter de nouvelles menaces.