"L'objectif consistait à mettre en place une grille relativement générique, capable d'accueillir différents projets de recherche en sciences de la vie, qu'ils se situent dans une approche clinique ou plus fondamentale, répondant directement ou indirectement aux préoccupation de l'AFM (Association Française contre les Myopathies)", résume Emmanuel D'Oncieu, chef de projet technique pour Décrypthon chez IBM.
Lancée le 15 mars dernier, l'infrastructure mise en place par IBM combine les centres de données des universités Bordeaux I, Lille I et Paris Jussieu. Des serveurs de calcul, de type Power4+ et Power5, offerts par IBM y ont été installés. Ils sont généralement intégrés au sein de racks existants aux côtés d'autres serveurs de recherche.
"Lorsque ces machines ne sont pas exploitées par les chercheurs Décrypthon, les universités peuvent en tirer partie pour leurs propres activités. Et à l'inverse, elles s'engagent à fournir une partie de leur puissance quand celle-ci n'est pas utilisée", explique Stéphane Roques (voir l'interview).
L'acheminement des transactions est supporté par le réseau universitaire français : RENATER (Réseau national de télécommunications pour la technologie l'enseignement et la recherche).
Basé à l'université d'Orsay, un système gère l'exécution des applications. Cette brique stocke l'ensemble des éléments nécessaires aux travaux au sein d'une base : couche logicielle, données, paramètres, etc. Il intègre également le serveur de grille, basé ici sur la solution Grid MP (United Devices), qui se charge de répartir les tâches entre supercalculateurs par paquets.
"La technologie United Devices a notamment été choisie car elle permet de combiner aisément grille de supercalculateurs et grille de PC individuels, ce que nous pourrions envisager de faire en fonction des besoins futurs", indique Emmanuel D'Oncieu.
| Toutes les applications ne sont pas adaptables |
Une telle évolution n'est pas prévue dans l'immédiat, les premiers projets de recherche sélectionnés ne nécessitant pas une telle configuration. "D'autant qu'une grille de PC d'internautes, même si elle est potentiellement plus puissante, comporte des contraintes plus importantes, notamment sur le plan de la gestion de la qualité de services (système et réseau). Elle implique de ce fait des dispositifs particuliers de reprise en cas d'échec", ajoute le responsable.
Principal enseignement de ce retour d'expérience : tout traitement informatique n'est pas forcément adaptable à une telle configuration. "Par exemple, un calcul portant sur une inversion de matrice n'est pas gridifiable dans la mesure où il nécessite simultanément l'ensemble des données en entrée du processus", note Pierre-Jean Ponenti, responsable de la partie sciences du vivant du projet Décrypthon chez IBM.
"A l'inverse, la comparaison de milliers d'extraits d'ADN peut se décomposer en lots, et le traitement ainsi être réparti en différentes séquences sur plusieurs centres."
Le processus d'intégration d'un programme de recherche ? Une fois le dossier sélectionné, une équipe du CNRS, également partenaire du projet aux côtés d'IBM, se charge de porter l'application correspondante sur la grille en réalisant l'ensemble des adaptations qui s'imposent. "A partir de là, les équipes de chercheurs ont la possibilité de paramétrer directement leurs traitements et de les allouer aux ressources disponibles au sein de l'architecture."
De trois jours pour une configuration informatique de recherche classique, la grille Décrypthon permettrait de réduire à quelques heures le temps de calcul sur un échantillon de données. Revers de la médaille : un tel dispositif produit une somme beaucoup plus importante d'informations. Un volume qu'il faut prendre le temps d'analyser. "Pour faciliter ce travail, nous étudions la possibilité de créer un référentiel virtuel, qui combinerait ces résultats avec d'autres sources (cliniques, etc.), en vue de réaliser des correspondances", conclut Pierre-Jean Ponenti.
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La grille Décrypthon
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Serveur
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Power4+ et Power5
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Solution de grille
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Meeting Maker
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Réseau
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RENATER
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