Quand le HPC aide la recherche sur le cancer
"D'ici cinq ans, chaque patient atteint de cancer souhaitera faire analyser et séquencer sa tumeur. Cela signifie qu'il y a de l'espoir, qu'il y a des possibilités." C'est ainsi que le Dr Giselle Sholler, oncologue-pédiatre voit l'avenir. Grâce aux avancées réalisées dans le domaine de l'analyse et du calcul haute performance (HPC), des logiciels et clusters sont aujourd'hui utilisés pour traiter des milliards de données génomiques, et administrer des traitements très ciblés aux patients atteints de cancer. Un processus qui auparavant pouvait réclamer huit semaines de calcul se fait maintenant en à peine deux jours.
Les experts sont unanimes sur cette question, la génomique fait avancer le traitement et le pronostic de la maladie de façon inimaginable. Il a fallu plus d'une décennie et environ 2,7 milliards de dollars pour cartographier le génome humain. Aujourd'hui, les médecins peuvent séquencer le génome d'un individu pour environ 1 000 dollars.
Exemple avec le Dr Sholler, qui dirige le Neuroblastoma and Medulloblastoma Translational Research Consortium (NMTRC), au sein du Helen DeVos Children's Hospital (Michigan). Le NMTRC gère les essais cliniques de traitements personnalisés du cancer chez les enfants, en partenariat avec le Translational Genomics Research Institute (Tgen). Ces essais, réalisés à l'aide de technologies données par Dell, concernent 22 hôpitaux américains, où les enfants atteints de cancers rares ne réagissent pas aux traitements traditionnels.
" L'efficacité de nos traitements dépend de nos prédictions, et nos prédictions sont basées sur les données, explique-t-elle. Avec les traitements personnalisés, les volumes de données explosent : données génomiques, antécédents de traitement pour chaque patient, possibilités de plus de 200 médicaments… Grâce à la mise en place d'un portail cloud, mes coéquipiers et moi-même pouvons consulter et discuter des mêmes données dans plusieurs hôpitaux, de voir ce qui fonctionne et ce qui ne fonctionne pas. Et aujourd'hui, nous en sommes au point où le système génère automatiquement nos parcours de soin, ce qui améliore la précision et évite les erreurs. Ces progrès font gagner un temps précieux, pour nous, mais surtout pour nos patients. "
Car le but ultime d'un séquençage génomique plus rapide est bel et bien d'allonger l'espérance de vie. " Il s'agit de patients dont les familles pensaient que les soins palliatifs étaient la seule option. Et maintenant, nous avons un enfant de 3 ans dont la tumeur a rétréci de 75 %, un collégien qui répond à son traitement alors qu'il ne pensait même pas obtenir son baccalauréat et d'autres patients dont la qualité de vie s'est améliorée. Même si nous avons encore beaucoup à apprendre et du chemin à parcourir, donner de l'espoir aux patients, à leur famille et à mon équipe est l'expérience la plus gratifiante de ma carrière. "
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