En 2006, Zacharias est évincé de Vinci et réclame davantage d'indemnités

En juin 2006, son départ avait fait grand bruit. Non pas que les performances du groupe Vinci, constitué sous sa présidence, étaient en cause. Mais Antoine Zacharias avait été contraint au départ par le conseil d'administration qu'il présidait, alors qu'il tentait de débarquer son dauphin, Xavier Huillard. Celui qui deviendra son successeur avait mis en cause le montant des rémunérations d'Antoine Zacharias.

Débarqué de Vinci avec un parachute doré de 12,9 millions d'euros ainsi qu'une retraite chapeau de 2,2 millions d'euros par an, Antoine Zacharias a depuis porté l'affaire sur le terrain judiciaire. Il réclame la somme record de 81 millions d'euros comme indemnisation des stock-options qu'il n'a pas pu touchées. En mai 2008, il est débouté de sa demande mais fait appel.