Double peine pour les fonctionnaires en arrêt maladie : le Conseil d'État confirme la baisse de leurs indemnisations

La justice a confirmé la baisse du montant des indemnisations des agents publics en arrêt maladie. Une décision applicable aux salaires et aux primes.

Serrer la vis encore et encore. Pour tenter de faire des économies, tous les gouvernements adoptent la même doctrine : limiter la dépense publique en matière d’arrêt maladie. Ce positionnement s’est notamment observé lors de la loi de finances de 2025. Parmi les mesures phares, on compte la baisse des indemnités des fonctionnaires civils, territoriaux et hospitaliers en arrêt maladie. Eux qui percevaient 100% de leur rémunération, ont vu ce chiffre réduit à 90%. Une décision qui a fait grincer des dents.

Vent debout contre cette mesure, le syndicat "Action et Démocratie" et la Fédération des services publics CFE-CGC ont fait des recours devant les tribunaux. Ils évoquent un excès de pouvoir et une rupture de l’égalité de traitement avec les salariés du privé. Un argument compliqué à défendre pour Thomas Algans, avocat en droit du travail dans la fonction publique au Barreau de Pau. "On ne peut pas comparer et aligner le privé avec les fonctions publiques civiles, hospitalières et territoriales qui sont dans le même régime", pointe l’avocat.

Pendant ce temps, les recours contre la loi font leur chemin dans les juridictions françaises. Le 26 mars 2026, le Conseil d’Etat rejette les recours et valide l’abaissement du taux de maintien de 100% à 90% pour les agents publics en arrêt maladie. "Les requérants évoquaient le préjudice que représente une indemnisation plus faible car cela décourage les malades mais cet argument a été balayé d’un revers de main", note Thomas Algans.

Le Conseil d’Etat a en effet refusé d’entrer dans ce raisonnement par manque de démonstration. Il a donc pu écarter tous ces arguments. Le Conseil d’Etat a même banni l’idée de solliciter la Cour Européenne des Droits de l’Homme en prenant sa décision. Cette absence de démonstration laisse espérer aux syndicats que la porte n’est pas définitivement fermée pour d’autres actions en justice à l’avenir.

L’abaissement à 90% s’appliquera donc à chaque arrêt maladie d’un fonctionnaire, et pas seulement aux salaires. "Les primes sont aussi concernées par cet abaissement à 90%. Elles ne sont pas protégées", souligne Thomas Algans. Cette loi, validée par le Conseil d’Etat, apparait donc comme une double peine pour les agents public. Voire une triple peine si on prend en compte que ces mesures s’ajoutent au jour de carence en vigueur.

Pour Thomas Algans, cette décision est synonyme d’un problème plus global sur la santé au travail. "Les gouvernements ne cessent de dire qu’il faut axer la lutte sur la fraude et de dire aux employeurs qu’il faut maitriser les arrêts alors que c’est un souci de santé au travail. Ces mesures reviennent philosophiquement à dire qu’il faut casser le thermomètre lorsqu’il fait trop chaud".

Cette décision s’inscrit en effet dans un contexte global de durcissement de la politique sur les arrêts maladie. Dans le secteur privé, l’Etat a déjà annoncé que les arrêts seraient plafonnés à partir du 1^er septembre. Des sanctions sont également attendues à l’automne contre les salariés qui se font arrêter par plus de 5 médecins différents.