Crédit Impôt Recherche et frais de fonctionnement , comment faire le bon choix ?

En matière de Crédit Impôt Recherche (CIR), faut-il opter pour le montant forfaitaire de frais fonctionnement ou pour leur montant réel, si celui-ci est plus faible ?

Rappelons d'abord qu'entre dans le calcul du Crédit Impôt Recherche (CIR) une quote-part de frais de fonctionnement, forfaitairement à 75% des charges de personnel de chercheurs exposées avant le 1er janvier 2011, 50% après cette date.

Dans ces conditions, si ces frais réels de fonctionnement sont différents du montant forfaitaire, l'entreprise doit-elle y substituer obligatoirement les frais réels ?

Les textes ne proposent que la solution forfaitaire. En d'autres termes, l'option du calcul au réel des frais de fonctionnement n'est pas possible. D'ailleurs, ni les textes ni l'Administration ne définissent les frais réels de fonctionnement. Et les textes insistent bien, sans ambigüité aucune, sur le caractère forfaitaire de ces frais. 

Si la société a un niveau de frais de fonctionnement  (200 000 €) supérieur au calcul forfaitaire (par exemple 125 000 €), elle retiendra 125 000 €, ce qui est évidemment pénalisant.

Inversement, si les frais de fonctionnement forfaitaires (par exemple  200 000 €) sont supérieurs aux frais de fonctionnement réels (100 000 €), elle retiendra 200 000 €. Le forfait se révèle alors fort avantageux. L'expérience montre que dans la plupart des cas, le calcul forfaitaire des frais de fonctionnement est, en tout cas, avec le taux de 75%, bien plus avantageux qu'un calcul au réel.

En conséquence, si la société opère cette substitution, elle verra sa déclaration retoquée si les frais de fonctionnement mentionnés sur la déclaration ne représentent pas 75% ou 50% des charges des chercheurs. L'administration fiscale vérifie toujours les calculs avant de procéder au remboursement. C'est dans ces conditions autant de temps perdu pour l'obtention du remboursement, sans compter le risque que l'Administration diligente un contrôle fiscal.

Et dans le cas où les frais de fonctionnement mentionnés sur ladite déclaration sont inférieurs aux frais calculés forfaitairement, la société risque de ne pas optimiser le CIR. Bref, que l'Administration rembourse la société sur une base minorée.  

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